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新技术照亮了无法在实验室培养的微生物

发布日期:2020年09月05日 浏览次数:次  编辑:admin

  有逾越50,000个微生物基因组DOE JGI的归纳微生物基因组可公然探访的数据库中的序列,此中很众依然利用宏基因组测序和单细胞基因组学察觉。只管它们具有适用性,但这些测序和基因组学时间具有限度性:单细胞基因组扩增是耗时的,凡是是不完好的,而且假如境况样品不太纷乱,则宏基因组测序凡是结果最好。正在eLife,来自斯坦福大学的一组探究职员通知了基于微流体的微型宏基因组学措施的成长,以缓解这些寻事。该时间起初通过利用微流体将其离散为96个子样本(每个样本具有5到10个细胞)来低落境况样本的纷乱性。然后,扩增每个子样品中细胞的基因组,并创筑文库以对这些微型宏基因组举行测序。较小的子样本能够维持单细胞区分率以举行统计阐述。来自很众子样本的共现形式也可用于奉行与序列无闭的基因组分组。该时间是通过DOE JGI的新兴时间时机安顿供应的资源开拓的,该安顿于2013年启动。

  JGI新兴时间时机安顿的目的是行使这些新时间管理能源和境况使用题目,为DOE JGI用户的高通量测序和阐述添补价钱。该团队利用合成微生物群体验证了该时间,然后将其使用于黄石邦度公园的Bijah和Mound温泉的样本。他们的探究结果评释,Mound Spring的微生物发作甲烷的或者性高于Bijah Spring的微生物。他们还从Bijah Spring察觉了一种能够将亚硝酸盐还原为氮的微生物基因组。使用这项新时间特别的样本点将添补迄今为止未具有特色的微生物才力局限,具有潜正在的DOE使命合用性。

  正在斯坦福大学,探究职员利用一种新的微流体阐述体例从两个黄石邦度公园温泉的样本中提取29种新的微生物基因组(完好的遗传物质)。他们正在保存单细胞区分率的同时提取了基因组,这意味着他们知晓遗传物质来自哪些细胞。这项任务是通过一种新时间竣工的,该时间将样品分裂以竣工对微生物遗传物质的切实阐述。完全而言,它供应了基因组功用和丰采的注意音讯。这项任务获得了新兴时间时机安顿的启动,该安顿是美邦能源部连合基因组探究所(DOE JGI)的一局限,该机构是美邦能源部科学办公室的用户办法。

  这项新时间揭示了微生物“暗物质”,这是来自地球上大局限微生物众样性的遗传音讯,这些音讯尚未正在实行室中孕育。这些微生物存在正在各式各样的地方,如温泉和戈壁,南极冰层下面和超等基金场的酸性矿井排水。能够确定微生物遗传和代谢的东西将正在生物能源,生物时间和境况探究等界限获得使用。